Le misure organizzative modificano il modo in cui il lavoro è distribuito tra persone, tempi e spazi, senza necessariamente cambiare le attrezzature. Esempi concreti sono la rotazione tra postazioni con diverso impegno biomeccanico in una linea di assemblaggio, la riduzione del tempo di permanenza in aree rumorose, la pianificazione delle attività di carico in fasce orarie in cui il magazzino è meno affollato, l'introduzione di pause programmate nelle lavorazioni con ritmi imposti, il divieto di lavoro isolato in attività ad alto rischio con la presenza di un secondo operatore.
Sono misure organizzative anche la definizione chiara di chi fa cosa: individuazione dei preposti per ogni turno e reparto, assegnazione delle chiavi dei quadri elettrici solo al personale abilitato, accesso alle aree con rischi specifici limitato agli autorizzati, gestione delle manutenzioni con fermi programmati invece che in emergenza durante la produzione. Confinare una lavorazione rumorosa in un'area dedicata, invece di lasciarla al centro del capannone, riduce il numero di esposti senza cambiare la macchina.
Il punto debole delle misure organizzative è la loro erosione nel tempo: sotto pressione produttiva la rotazione salta, il secondo operatore viene spostato altrove. Per questo nel DVR ognuna deve avere un responsabile della vigilanza, tipicamente il preposto, e un indicatore di verifica semplice, come il controllo dei fogli di turno o delle registrazioni di accesso alle aree riservate.