Quando una norma specifica non la stabilisce, la periodicità della visita è di norma annuale, ma può assumere una cadenza diversa decisa dal medico competente in funzione della valutazione dei rischi. L'organo di vigilanza, con provvedimento motivato, può disporre contenuti e periodicità diversi da quelli indicati dal medico. Alcune norme fissano direttamente la cadenza: per i videoterminalisti l'art. 176 prevede una periodicità biennale per i lavoratori classificati idonei con prescrizioni o limitazioni e per quelli che hanno compiuto cinquant'anni, quinquennale negli altri casi.
Lo strumento che traduce i rischi in accertamenti è il protocollo sanitario, previsto dall'art. 25, comma 1, lettera b. Il medico competente lo definisce per ciascuna mansione o gruppo omogeneo, sulla base del DVR e degli indirizzi scientifici più avanzati. Per un saldatore il protocollo può comprendere visita medica, audiometria, spirometria e, se necessario, esami ematochimici mirati; per un carrellista su turni notturni si aggiungono la valutazione della funzione visiva e gli accertamenti legati al lavoro notturno.
Il punto debole di molte aziende è il disallineamento tra mansionario e protocollo: le mansioni nel DVR sono dodici, il medico ne gestisce sette con nomi diversi, l'ufficio del personale ne usa altre ancora. Il RSPP lavora con il medico per costruire una tabella unica che colleghi mansione, rischi valutati, accertamenti previsti e periodicità, e la aggiorna a ogni revisione del documento di valutazione.