L'analisi dell'atmosfera è il controllo che trasforma una bonifica in una condizione verificata. La sequenza corretta è misurare prima l'ossigeno, poi gli infiammabili e infine i tossici. L'ordine non è casuale: molti sensori di infiammabili di tipo catalitico richiedono ossigeno per funzionare, e in atmosfera povera di ossigeno possono dare letture falsamente basse. Inoltre una carenza di ossigeno è di per sé un pericolo immediato per la vita.
Gli infiammabili si esprimono in percentuale del limite inferiore di esplosività, il LIE. Il rilevatore va tarato o almeno corretto per la sostanza presente, perché la risposta varia molto tra metano, idrocarburi pesanti e solventi; per alcune sostanze servono sensori diversi, ad esempio a fotoionizzazione per vapori organici a basse concentrazioni con rilevanza tossicologica. I tossici si misurano con sensori elettrochimici specifici, come quelli per idrogeno solforato, monossido di carbonio, ammoniaca, cloro, oppure con fiale colorimetriche.
Le misure vanno eseguite in più punti: in alto per gas leggeri, in basso per vapori pesanti, all'interno delle apparecchiature con una sonda e una pompa di aspirazione, vicino a drenaggi e flange. Lo strumento deve essere sottoposto alla prova di risposta con gas di riferimento, il cosiddetto bump test, prima dell'uso e calibrato periodicamente secondo le istruzioni del fabbricante. Ogni misura viene registrata sul permesso con ora, punto, valore e strumento. L'operatore incaricato deve essere formato e la sua abilitazione documentata.