Il D.Lgs. 81/08 non disciplina solo gli obblighi all'interno delle aziende, ma organizza anche il sistema pubblico che indirizza, coordina, sostiene e controlla la prevenzione. A questo è dedicato il Capo II del Titolo I, intitolato sistema istituzionale, che comprende gli articoli da 5 a 14. Gli articoli da 5 a 12 riguardano gli organismi di indirizzo, coordinamento, informazione e supporto; gli articoli 13 e 14 riguardano la vigilanza e i provvedimenti per contrastare il lavoro irregolare e tutelare la salute e sicurezza.
La struttura riflette il riparto di competenze stabilito dalla Costituzione dopo la riforma del Titolo V del 2001: la tutela e sicurezza del lavoro è materia di legislazione concorrente tra Stato e Regioni, e la tutela della salute è affidata in larga parte al Servizio sanitario regionale. Per questo il sistema prevede un livello nazionale di indirizzo e un livello regionale di programmazione e coordinamento, con le aziende sanitarie locali come principale organo di vigilanza sul territorio.
Un'altra caratteristica è la partecipazione delle parti sociali: rappresentanti dei datori di lavoro e dei lavoratori siedono nella Commissione consultiva e nei comitati regionali, e gli organismi paritetici sono riconosciuti come soggetti del sistema. Conoscere questa architettura serve al RSPP per sapere dove trovare documenti ufficiali come buone prassi, procedure standardizzate, interpelli e linee guida, a chi rivolgersi per assistenza e quale ente ha titolo per intervenire in una determinata situazione.