La malattia professionale è una patologia contratta nell'esercizio e a causa delle lavorazioni, per effetto di una causa che agisce in modo lento e progressivo nel tempo. A differenza dell'infortunio, non c'è un evento violento e concentrato, ma un'esposizione prolungata: il rumore che danneggia l'orecchio interno in anni di lavoro in carpenteria, le polveri che si accumulano nei polmoni, i movimenti ripetitivi che infiammano i tendini della spalla.
Il DPR 1124/65 ha introdotto un sistema basato su tabelle, distinte per industria e agricoltura, che elencano le malattie, le lavorazioni che le possono causare e il periodo massimo di indennizzabilità dalla cessazione della lavorazione. Le tabelle sono state aggiornate più volte; una revisione di grande portata è quella del decreto ministeriale del 9 aprile 2008, che ha ampliato in modo significativo le patologie elencate, comprese quelle muscoloscheletriche da sovraccarico biomeccanico.
Con la sentenza 179 del 1988 la Corte costituzionale ha introdotto il cosiddetto sistema misto: oltre alle malattie tabellate, sono indennizzabili anche le malattie non comprese nelle tabelle, purché il lavoratore dimostri l'origine professionale. Il sistema attuale combina quindi la certezza delle liste con l'apertura verso nuove patologie e nuove esposizioni. Per l'azienda il punto rilevante è che la malattia professionale emerge anni dopo l'esposizione: le misure che si prendono oggi e la documentazione che si conserva oggi diventano decisive quando, molto tempo dopo, si dovrà ricostruire ciò che è accaduto.