Al termine di ciascuna visita il medico competente esprime uno dei giudizi previsti dall'art. 41, comma 6: idoneità; idoneità parziale, temporanea o permanente, con prescrizioni o limitazioni; inidoneità temporanea; inidoneità permanente. Nel caso di inidoneità temporanea vanno precisati i limiti temporali di validità. Il comma 6-bis stabilisce che il giudizio è espresso per iscritto, con copia al lavoratore e al datore di lavoro.
Il giudizio riguarda la mansione specifica, non la persona in astratto. Un operaio può essere inidoneo al lavoro in quota per una patologia dell'equilibrio ma pienamente idoneo al montaggio a banco. La qualità del giudizio dipende quindi dalla precisione con cui il datore di lavoro ha descritto al medico la mansione: compiti, attrezzature usate, turni, esposizioni, carichi movimentati. Una mansione indicata come generico operaio produce giudizi vaghi e difficilmente applicabili.
Le prescrizioni devono essere formulate in modo operativo. «Evitare sforzi» non è gestibile da un capoturno; «non sollevare manualmente carichi superiori a 10 chilogrammi e non svolgere lavori con le braccia sopra il livello delle spalle per più di un'ora per turno» lo è. Il giudizio non contiene diagnosi, che restano coperte dal segreto professionale. Il RSPP collabora a trasmettere ai preposti solo le limitazioni operative, perché sono loro a dover organizzare concretamente il lavoro giorno per giorno. Il lavoratore, avendo una copia del giudizio, può a sua volta verificare che le indicazioni siano rispettate.