La BBS è stata oggetto di critiche fondate, che un RSPP esperto deve conoscere per non replicare gli errori più comuni. La critica principale è che, applicata in modo ingenuo, sposta l'attenzione dal sistema all'individuo: se la causa degli infortuni è identificata nei comportamenti dei lavoratori, diventa facile trascurare macchine non adeguate, carichi di lavoro eccessivi, procedure inapplicabili. In questa forma la BBS diventa uno strumento per colpevolizzare l'operatore, in contrasto con la gerarchia delle misure dell'art. 15 del D.Lgs. 81/08, che privilegia l'eliminazione dei rischi alla fonte e le misure collettive.
Una seconda critica riguarda il campo di applicazione. La BBS funziona bene sui rischi legati a comportamenti frequenti e osservabili, come l'uso dei DPI o la postura durante la movimentazione. È molto meno efficace sui rischi di incidente grave, che dipendono da guasti di sistema, decisioni organizzative, manutenzione e progettazione. Uno stabilimento può avere ottime percentuali di comportamenti sicuri e, al tempo stesso, una gestione carente dei permessi di lavoro su impianti in pressione.
Una versione matura della BBS tiene conto di queste critiche: considera ogni comportamento a rischio come sintomo da indagare, dà priorità alla rimozione delle barriere organizzative, coinvolge la direzione come soggetto osservato e non solo osservante, e si integra con la valutazione dei rischi invece di sostituirla. Il risultato va verificato anche sugli infortuni gravi, non solo sui comportamenti.