Il concetto di contenimento indica l'insieme di barriere fisiche e procedure che impediscono all'agente di raggiungere il lavoratore e l'ambiente esterno. Il contenimento primario protegge chi manipola l'agente, ad esempio con una cappa di sicurezza microbiologica; quello secondario riguarda la struttura del locale e protegge le persone all'esterno.
L'articolo 275 richiede che nei laboratori, compresi quelli diagnostici, e nei locali destinati ad animali da laboratorio deliberatamente contaminati, si adottino misure corrispondenti ai livelli di contenimento 2, 3 o 4 indicati nell'Allegato XLVII, in funzione del gruppo dell'agente. L'allegato elenca le misure, alcune obbligatorie e altre raccomandate a seconda del livello: zona di lavoro separata, accesso limitato al personale autorizzato, filtrazione HEPA dell'aria estratta, pressione negativa rispetto all'ambiente circostante, superfici impermeabili e facili da pulire, disinfettanti specifici, deposito sicuro degli agenti, inattivazione dei rifiuti. Al livello 4 quasi tutte le misure diventano obbligatorie, compresa la possibilità di chiudere ermeticamente la zona per la disinfezione.
Per i processi industriali l'articolo 276 rinvia all'Allegato XLVIII, che descrive misure analoghe applicate a fermentatori, sistemi chiusi, campionamento e scarichi. L'articolo 274 tratta invece servizi sanitari e veterinari, con attenzione ai reparti di isolamento. Il RSPP di un'azienda alimentare con laboratorio interno verifica quindi il livello dichiarato rispetto ai ceppi realmente usati.