Le misure organizzative agiscono sul modo in cui il lavoro è organizzato: chi lo fa, quando, per quanto tempo, con quali autorizzazioni e secondo quale sequenza. Comprendono procedure e istruzioni operative, permessi di lavoro, limitazione dell'accesso alle aree pericolose, riduzione del tempo di esposizione, rotazione tra mansioni, pianificazione delle attività in orari con meno persone presenti, segnaletica, formazione e addestramento.
Sono indispensabili quando le misure tecniche non bastano o non sono applicabili, come nelle attività di manutenzione. Un esempio tipico è la procedura di isolamento delle energie, conosciuta come lockout-tagout: prima di intervenire su una macchina si sezionano le fonti di energia elettrica, pneumatica e idraulica, si applicano lucchetti personali, si scaricano le energie residue e si verifica l'assenza di energia prima di iniziare. La procedura è organizzativa, ma si appoggia su elementi tecnici come i sezionatori lucchettabili.
Il punto debole di queste misure è la dipendenza dalle persone e dal contesto. Una procedura può essere scritta perfettamente e non essere mai applicata, perché troppo lunga, perché in contrasto con i tempi di produzione o perché i preposti non ne verificano il rispetto.
Per renderle efficaci servono alcuni accorgimenti: scriverle con chi dovrà applicarle, usare un linguaggio semplice, verificarne l'applicazione sul campo, misurare quante volte vengono saltate e capire perché. Una procedura sistematicamente disattesa è un segnale che il problema è a monte e va cercata una soluzione di livello superiore.