Le attività operative sono il cuore del sistema. La norma chiede di pianificare, attuare, controllare e mantenere i processi necessari a soddisfare i requisiti, stabilendo criteri per i processi, attuando il controllo secondo tali criteri, conservando informazioni documentate per avere fiducia che i processi si svolgano come pianificato, e adattando il lavoro ai lavoratori. Nei luoghi di lavoro con più datori di lavoro occorre coordinare le parti pertinenti del sistema con le altre organizzazioni.
Il controllo operativo si esprime attraverso procedure, istruzioni, permessi di lavoro, manutenzione programmata, controlli pre-uso delle attrezzature, regole di accesso alle aree, sistemi di blocco e isolamento delle energie. Non tutte le attività hanno bisogno di una procedura scritta: si scrive dove l'assenza di istruzioni potrebbe portare a deviazioni con conseguenze serie.
Un esempio in una fonderia: per la colata il controllo operativo comprende il preriscaldo delle siviere, la verifica dell'assenza di umidità negli stampi per evitare proiezioni di metallo fuso, la delimitazione dell'area, i DPI alluminizzati, la sequenza delle comunicazioni tra gruista e colatore. I criteri sono numerici o osservabili, il controllo è registrato su una check list e l'operatore sa quando fermarsi.
Adattare il lavoro ai lavoratori richiama il principio ergonomico dell'art. 15 del D.Lgs. 81/08. Nel sistema diventa criterio di progettazione dei processi: un processo che funziona solo se gli operatori si sporgono, sollevano carichi eccessivi o lavorano in fretta non è sotto controllo.