Dal punto di vista organizzativo il servizio di prevenzione e protezione è una funzione di staff: supporta la linea gerarchica senza farne parte. La collocazione nell'organigramma non è un dettaglio formale, perché determina l'accesso alle informazioni e la forza delle proposte. Un RSPP che riporta al responsabile di produzione rischia di vedere filtrate le criticità che rallentano la produzione; uno che riporta direttamente al datore di lavoro, o all'amministratore delegato nelle società di capitali, può portare i temi senza intermediari.
Nelle realtà più strutturate la sicurezza è inserita in una funzione HSE che comprende ambiente ed eventualmente qualità o energia. Il modello offre sinergie, ad esempio audit integrati e un'unica gestione documentale, ma richiede attenzione a non far prevalere gli adempimenti ambientali o di certificazione sulle priorità di prevenzione. Nei gruppi multinazionali esiste spesso anche un riporto funzionale verso un responsabile HSE di divisione, che fissa standard aziendali più severi della legge: il RSPP locale deve conciliare questi standard con gli obblighi italiani, che restano comunque inderogabili.
L'autonomia tecnica è un altro elemento chiave. Il RSPP deve poter accedere ai reparti, ai dati infortunistici, ai progetti di nuovi impianti e ai contratti d'appalto senza autorizzazioni caso per caso. Conviene che queste prerogative siano scritte nella lettera di incarico o in una procedura organizzativa, così da non dipendere dalla buona volontà del singolo dirigente.