Il riempimento della botte con acqua è il punto in cui un errore di pochi minuti può contaminare un pozzo aziendale o la rete idrica. Se il tubo di carico viene immerso nella miscela e nella rete si crea una depressione, il liquido può essere risucchiato verso la fonte. Il PAN richiede quindi che il prelievo avvenga con dispositivi che impediscano il ritorno, come valvole antiriflusso, oppure attraverso un serbatoio intermedio, senza contatto diretto tra la fonte e la miscela.
Il caricamento non va eseguito vicino a pozzi, sorgenti, corsi d'acqua o pozzetti di scarico, e la superficie su cui sosta l'irroratrice dovrebbe consentire di raccogliere eventuali tracimazioni. Molte aziende hanno ancora la piazzola di carico accanto alla casa, sul cortile in ghiaia, con il tubo del giardino infilato nella cisterna: è la situazione da segnalare con priorità durante il sopralluogo.
L'operatore non deve mai lasciare incustodita l'irroratrice durante il riempimento: le tracimazioni dovute a distrazione sono una causa frequente di contaminazione puntiforme del suolo, molto più incisiva della distribuzione in campo. In aziende medio grandi la soluzione strutturale è un'area attrezzata di lavaggio e carico con pavimentazione impermeabile, pendenza verso un pozzetto cieco e sistema di raccolta e trattamento delle acque, oppure un sistema di depurazione biologica dei reflui contenenti residui di prodotto. Per il RSPP la stessa area riduce anche il contatto dell'operatore con superfici contaminate.