La definizione di coordinatore per l'esecuzione contenuta nell'articolo 89 contiene un vincolo preciso: il CSE non può essere il datore di lavoro delle imprese affidatarie ed esecutrici, né un loro dipendente, né il responsabile del servizio di prevenzione e protezione da esse designato. La ratio è evidente: chi controlla non deve dipendere da chi è controllato. Le incompatibilità non sono invece previste nello stesso modo per il coordinatore in fase di progettazione, che spesso coincide con il progettista o con un componente del gruppo di progettazione.
Il committente o il responsabile dei lavori, se in possesso dei requisiti dell'articolo 98, può svolgere personalmente le funzioni di CSP e di CSE. Nelle grandi aziende capita che il coordinatore sia un tecnico interno del committente: la soluzione è ammessa, purché la persona non sia dipendente dell'impresa che esegue i lavori.
Un caso che genera confusione riguarda i gruppi societari. Se la società di servizi tecnici che esegue la manutenzione edile appartiene allo stesso gruppo del committente, il CSE non può essere un dipendente di quella società esecutrice, anche se fisicamente lavora nello stesso ufficio. Allo stesso modo, il RSPP di un'impresa esecutrice non può accettare l'incarico di CSE nel cantiere in cui opera la propria azienda: sarebbe chiamato a contestare inosservanze a se stesso e al proprio datore di lavoro, svuotando la funzione di controllo. Il committente dovrebbe acquisire dal CSE una dichiarazione scritta di assenza di rapporti di lavoro o di incarico con le imprese esecutrici.