La stima dei costi della sicurezza deve essere congrua, analitica per singole voci, a corpo o a misura, riferita a elenchi prezzi standard o specializzati, oppure basata su prezzari o listini ufficiali vigenti nell'area interessata. Quando un elenco prezzi non è applicabile o non è disponibile, si fa riferimento ad analisi dei costi complete e desunte da indagini di mercato. I costi della sicurezza così individuati sono compresi nell'importo totale dei lavori e individuano la parte del costo dell'opera da non assoggettare a ribasso nelle offerte delle imprese.
Durante l'esecuzione, il direttore dei lavori liquida l'importo relativo ai costi della sicurezza previsti in base allo stato di avanzamento dei lavori, previa approvazione da parte del coordinatore per l'esecuzione, quando previsto. Il CSE certifica quindi che quelle protezioni sono state effettivamente realizzate: liquidare un ponteggio mai montato o parapetti mai installati sarebbe un falso contabile oltre che un problema di sicurezza.
Occorre poi distinguere questi costi, detti anche speciali o specifici del cantiere, dagli oneri aziendali della sicurezza, cioè le spese generali che ogni impresa sostiene comunque per formazione, sorveglianza sanitaria, DPI personali, RSPP, e che il concorrente indica nella propria offerta negli appalti pubblici. Confondere le due categorie porta a doppi conteggi o, più spesso, a stime insufficienti che spingono l'impresa a risparmiare proprio sulle protezioni. Il RSPP dell'impresa dovrebbe confrontare le voci liquidate con le protezioni effettivamente predisposte.