Gli stabilimenti soggetti sono sottoposti a un sistema di ispezioni programmato. Le autorità predispongono piani di ispezione che coprono tutti gli stabilimenti del territorio e programmi che fissano la frequenza delle visite. L'intervallo tra due visite in loco consecutive non deve superare un anno per gli stabilimenti di soglia superiore e tre anni per quelli di soglia inferiore, a meno che il programma non sia basato su una valutazione sistematica dei pericoli che consenta frequenze diverse.
Le ispezioni ordinarie esaminano in modo approfondito i sistemi tecnici, organizzativi e di gestione: verificano che il gestore possa dimostrare di aver adottato misure adeguate, che i documenti siano coerenti con la realtà e che le informazioni fornite al pubblico e alle autorità siano corrette. Si basano su liste di controllo strutturate per elementi del sistema di gestione, accompagnate da verifiche in campo.
Oltre alle ispezioni programmate sono previste ispezioni straordinarie per indagare il più rapidamente possibile su denunce gravi, incidenti rilevanti, quasi incidenti significativi e casi di inosservanza.
Al termine dell'ispezione l'autorità comunica al gestore le conclusioni e le misure da adottare; il gestore deve attuarle entro un termine ragionevole. In caso di carenze gravi può seguire una nuova ispezione ravvicinata e, nei casi più seri, la limitazione o il divieto dell'esercizio. Prepararsi significa tenere sempre pronto il fascicolo delle evidenze, non organizzarlo nei giorni precedenti la visita.