Un audit strutturato del sistema dei permessi conviene farlo almeno una volta l'anno e dopo ogni evento significativo. Il primo livello è documentale: si estrae un campione di permessi chiusi, ad esempio una trentina scelti tra tipologie diverse, e si verifica completezza, coerenza delle date, presenza delle analisi gas quando richieste, corrispondenza tra certificati di isolamento e permessi. Già questo controllo fa emergere campi sistematicamente vuoti o firme apposte prima dell'orario di emissione.
Il secondo livello è sul campo: con permessi attivi, l'auditor si reca sul luogo di lavoro e verifica che isolamenti, delimitazioni, DPI, presidi antincendio e monitoraggio corrispondano a quanto prescritto. Chiede all'esecutore di spiegare con parole sue cosa autorizza il permesso e cosa farebbe in caso di allarme. Il terzo livello riguarda la competenza: chi è autorizzato a emettere permessi, con quale formazione, con quale verifica periodica delle capacità.
Le risultanze vanno classificate per gravità e trasformate in azioni con responsabile e scadenza. Negli stabilimenti soggetti al D.Lgs. 105/2015 l'audit del sistema permessi rientra naturalmente tra le verifiche del sistema di gestione della sicurezza e fornisce elementi per il riesame della direzione. Anche in aziende minori, ad esempio un piccolo deposito di solventi o un reparto di verniciatura industriale, applicare lo stesso metodo in forma semplificata dà risultati molto concreti con poco impegno.