La via d'acqua non è solo lo squarcio provocato da una collisione o da un incaglio. Sulle unità da pesca l'allagamento nasce molto più spesso da punti deboli dell'impianto: la tenuta dell'asse dell'elica nel passaggio attraverso lo scafo, le prese a mare dell'acqua di raffreddamento del motore e dei servizi, i manicotti in gomma induriti e le fascette corrose, le tubazioni dei servizi igienici, i passacavi e le aperture di scarico del pescato.
Sugli scafi in legno, ancora numerosi nella flotta italiana, la perdita di calafataggio e il degrado del fasciame possono generare infiltrazioni diffuse che aumentano con il mare mosso. Un'altra causa è la mancata chiusura di porte stagne, boccaporti e portelli di stiva durante la navigazione con mare formato: l'acqua imbarcata sul ponte trova la strada verso i locali interni.
L'allagamento lento è insidioso perché la nave si appesantisce progressivamente senza che nessuno se ne accorga, specialmente quando l'equipaggio è impegnato con la rete e nessuno scende in sala macchine. Per questo gli allarmi di alto livello in sentina, con segnalazione sonora e luminosa in plancia, sono una misura di grande valore, ma solo se funzionano: interruttori a galleggiante bloccati dallo sporco o allarmi disattivati perché suonavano troppo spesso sono situazioni molto comuni. Il RSPP inserisce la manutenzione di valvole, manicotti e allarmi tra le attività programmate e chiede evidenza delle prove periodiche di funzionamento.