La matrice è semplice da comunicare, ma ha limiti che il RSPP deve conoscere per non farsi ingannare dai numeri. Il primo è la soggettività: due valutatori, davanti alla stessa scaffalatura senza targhe di portata, possono assegnare probabilità diverse. Il rimedio è definire criteri di attribuzione con esempi, lavorare in gruppo con medico competente, RLS e preposti, e documentare le motivazioni.
Il secondo limite è la compressione: con soli sedici valori possibili, situazioni molto diverse finiscono nella stessa casella, e piccole differenze di giudizio fanno saltare un rischio da una classe all'altra. Il terzo è l'apparente oggettività: un indice pari a 6 sembra un dato misurato, mentre è un giudizio tradotto in numero. Il quarto riguarda i rischi per la salute a lungo termine, che si adattano male alla logica dell'evento istantaneo: per rumore, chimico o vibrazioni vanno usati i criteri specifici dei rispettivi titoli.
Tra gli errori più frequenti nei documenti ci sono matrici in cui tutti i rischi risultano bassi, segno che la probabilità è stata abbassata per le misure ancora da attuare; valutazioni identiche per mansioni diverse; indici che non cambiano mai tra una revisione e l'altra, anche dopo infortuni. Un controllo utile è confrontare la matrice con la storia degli eventi: se un reparto ha avuto più infortuni ma presenta solo rischi verdi, qualcosa nella stima non funziona. Lo stesso vale se le richieste di limitazione di idoneità si concentrano in una mansione valutata a basso rischio.