La metodologia proposta da INAIL, pubblicata nel 2011 e aggiornata nel manuale del 2017, traduce le indicazioni della Commissione consultiva in un percorso operativo articolato in fasi: una fase propedeutica, una valutazione preliminare obbligatoria per tutte le aziende, una valutazione approfondita da attivare quando necessario, la pianificazione e il monitoraggio degli interventi.
La fase propedeutica è spesso saltata, ma determina la qualità di tutto il resto. Consiste nel costituire il gruppo di gestione della valutazione, composto almeno da datore di lavoro o suo delegato, RSPP, medico competente e RLS, eventualmente integrato da responsabili del personale e figure con competenze organizzative; nel definire la strategia di comunicazione e coinvolgimento dei lavoratori; nell'individuare i gruppi omogenei; nel pianificare tempi e strumenti.
La partizione in gruppi omogenei non segue necessariamente l'organigramma, ma le condizioni di lavoro che possono generare stress: in un'azienda di trasporti possono essere gruppi distinti gli autisti di linea, gli addetti al call center, il personale di officina e quello amministrativo, perché ritmi, autonomia, contatti con il pubblico e orari sono molto diversi. Gruppi troppo ampi annullano le differenze, gruppi troppo piccoli rendono identificabili le persone nei questionari. Una comunicazione chiara ai lavoratori su scopi e garanzie di anonimato fin dall'inizio aumenta l'affidabilità dei dati.