Il percorso assicurativo della malattia professionale inizia con il primo certificato medico, redatto dal medico che per primo ne riconosce l'esistenza e trasmesso all'INAIL esclusivamente per via telematica. Il certificato indica la diagnosi, la data di manifestazione, la lavorazione ritenuta responsabile e gli elementi a sostegno del nesso. È distinto dalla denuncia ai fini preventivi dell'articolo 139, anche se spesso lo stesso medico provvede a entrambe.
Il lavoratore, secondo l'articolo 52 del DPR 1124/65, deve denunciare la malattia professionale al proprio datore di lavoro entro quindici giorni dalla sua manifestazione, a pena di decadenza dal diritto all'indennizzo per il periodo antecedente alla denuncia. Il datore di lavoro, a sua volta, deve inoltrare la denuncia all'INAIL entro cinque giorni da quello in cui ha ricevuto la notizia, corredata dei dati sul lavoratore, sulle lavorazioni svolte e sui rischi a cui è stato esposto.
Spesso la malattia viene riconosciuta quando il lavoratore ha già cambiato azienda o è in pensione. In questi casi la denuncia può essere presentata direttamente dal lavoratore o tramite patronato, e l'INAIL chiederà informazioni alle aziende presso cui si è verificata l'esposizione. Il RSPP può ricevere richieste di ricostruzione storica relative a mansioni svolte molti anni prima: essere in grado di rispondere con dati concreti, come le valutazioni dell'epoca, le schede di sicurezza delle sostanze usate e le misure di protezione adottate, è un banco di prova della qualità dell'archivio.