Oltre al rischio penale, il RSPP può rispondere civilmente verso il proprio committente. Il RSPP esterno è legato al datore di lavoro da un contratto d'opera professionale: se la sua prestazione è negligente e l'azienda subisce un danno, ad esempio per sanzioni, risarcimenti o regresso INAIL riconducibili a un errore di valutazione, l'azienda può agire nei suoi confronti per inadempimento. La diligenza richiesta è quella qualificata del professionista, ai sensi dell'art. 1176, secondo comma, c.c.
L'art. 2236 c.c. limita la responsabilità del prestatore d'opera ai casi di dolo o colpa grave quando la prestazione implica la soluzione di problemi tecnici di speciale difficoltà. È una tutela che però raramente si applica alle attività ordinarie del servizio di prevenzione: la valutazione dei rischi di un'officina o di un magazzino difficilmente viene considerata un problema di speciale difficoltà.
Il RSPP interno, dipendente dell'azienda, ha una posizione diversa: la sua responsabilità verso il datore è di natura contrattuale lavoristica e può tradursi anche in provvedimenti disciplinari, mentre la responsabilità verso terzi resta legata alla commissione di un fatto illecito. Per il professionista esterno è fortemente consigliabile una polizza di responsabilità civile professionale che copra espressamente l'attività di RSPP, verificando massimali, esclusioni, retroattività e postuma, perché gli effetti di un errore possono emergere anni dopo la cessazione dell'incarico.