Per le sostanze stupefacenti e psicotrope la base normativa è diversa da quella dell'alcol. L'articolo 125 del DPR 309/1990 prevede accertamenti di assenza di tossicodipendenza per i lavoratori addetti a mansioni che comportano rischi per la sicurezza, l'incolumità e la salute dei terzi. Le mansioni sono state individuate dall'Intesa Stato-Regioni del 30 ottobre 2007 e comprendono, tra le altre, la guida di veicoli per cui è richiesta patente di categoria C, D o E, il personale addetto alla circolazione di treni, navi e aeromobili, la conduzione di macchine di movimentazione terra e merci, le attività con gas tossici e i fochini. Le procedure operative sono state definite da un successivo accordo del 2008.
Il percorso si articola in fasi. Il datore di lavoro comunica al medico competente l'elenco dei lavoratori addetti alle mansioni a rischio. Il medico effettua gli accertamenti di primo livello, con test di screening su campione biologico, comunicando la data al lavoratore con un preavviso molto breve, non superiore a un giorno. In caso di positività il campione viene sottoposto ad analisi di conferma e il lavoratore è sospeso cautelativamente dalla mansione a rischio e inviato ai servizi per le dipendenze per gli accertamenti di secondo livello.
Il RSPP deve garantire che l'elenco delle mansioni sia corretto e aggiornato: un errore frequente è dimenticare i carrellisti assunti di recente o gli autisti di imprese in somministrazione, oppure includere mansioni che non rientrano nell'elenco, sottoponendo lavoratori ad accertamenti privi di base giuridica.