L'Allegato XLVI contiene l'elenco degli agenti biologici classificati nei gruppi 2, 3 e 4, ordinati in batteri, virus, parassiti e funghi. Il gruppo 1 non è elencato: un agente che non compare nella lista non è automaticamente innocuo, ma va classificato dal datore di lavoro applicando i criteri dell'articolo 268.
L'elenco è stato aggiornato per recepire la Direttiva (UE) 2019/1833 e la Direttiva (UE) 2020/739, quest'ultima con l'inserimento del SARS-CoV-2 nel gruppo 3. Il RSPP deve quindi verificare di consultare la versione vigente e non tabelle copiate da vecchi DVR o da manuali superati.
Accanto alla classificazione compaiono sigle che orientano la valutazione. La lettera A segnala possibili effetti allergici, rilevante ad esempio per Aspergillus negli impianti di compostaggio. La lettera T indica la produzione di tossine, come nel caso del tetano. La lettera V significa che è disponibile un vaccino efficace, elemento che attiva gli obblighi dell'articolo 279. La lettera D richiama la conservazione dell'elenco dei lavoratori esposti per un periodo più lungo dell'ordinario.
Il doppio asterisco accanto ad alcuni agenti del gruppo 3, come i virus dell'epatite B e C, HIV o Salmonella Typhi, indica che il rischio è limitato perché di norma non si trasmettono per via aerea. Per questi agenti, in assenza di uso deliberato, alcune misure di contenimento possono essere modulate sulla base della valutazione, motivando la scelta per iscritto.