La vaccinazione è una misura di protezione individuale che non sostituisce quelle tecniche e organizzative, ma ne completa l'effetto quando esiste un vaccino efficace per l'agente presente, segnalato con la lettera V nell'Allegato XLVI.
Il caso più consolidato è quello antitetanico. La Legge 292 del 1963 rende obbligatoria la vaccinazione per alcune categorie di lavoratori particolarmente esposti, tra cui lavoratori agricoli e allevatori, addetti alla raccolta e allo smaltimento dei rifiuti, operai edili e sterratori, addetti alla manipolazione di pellami e alla pulizia di stalle. Il Clostridium tetani vive nel terreno e nelle deiezioni animali e penetra attraverso ferite anche minime, quindi riguarda anche giardinieri e manutentori del verde.
Per l'epatite B, oltre all'ambito sanitario, il Piano nazionale di prevenzione vaccinale raccomanda l'offerta ad alcune categorie professionali a rischio, tra cui gli addetti alla raccolta, al trasporto e allo smaltimento dei rifiuti. Altre vaccinazioni, come quella antiepatite A per alcuni addetti alla depurazione, sono valutate dal medico competente sulla base del rischio specifico.
Al di fuori dei casi in cui una legge la impone, la vaccinazione in azienda resta offerta e non imposta. Il datore di lavoro la mette a disposizione gratuitamente, il medico informa sui vantaggi e sugli inconvenienti della vaccinazione e della mancata vaccinazione, e un eventuale rifiuto viene gestito nel giudizio di idoneità e con misure organizzative alternative.