La disinfezione serve a ridurre la carica microbica su superfici, attrezzature e mezzi fino a un livello che non rappresenti più un pericolo. Va distinta dalla semplice pulizia, che rimuove lo sporco visibile, e dalla sterilizzazione, che elimina ogni forma vivente e riguarda quasi esclusivamente laboratori e sanità.
Il principio pratico è che si pulisce prima di disinfettare, perché il materiale organico inattiva molti principi attivi. La scelta del prodotto tiene conto dello spettro d'azione, del tempo di contatto indicato in etichetta, della compatibilità con i materiali e dei rischi chimici per chi lo usa: ipocloriti, sali di ammonio quaternario, perossido di idrogeno e prodotti a base alcolica hanno caratteristiche molto diverse. Il RSPP deve quindi coordinare la valutazione biologica con quella chimica, evitando che una misura contro i microrganismi introduca un nuovo pericolo, come l'uso di ipoclorito in ambienti chiusi senza ventilazione.
Mezzi e attrezzature vanno inclusi in un programma: il lavaggio periodico delle cabine dei camion compattatori, la sanificazione delle maniglie e dei volanti dei carrelli usati in aree sporche, la pulizia degli impianti di aspirazione dei reparti polverosi.
I rifiuti prodotti dalle attività con rischio biologico, come DPI monouso contaminati o materiali assorbenti usati dopo uno sversamento di liquame, vanno raccolti in contenitori chiusi e identificati e avviati allo smaltimento secondo la classificazione prevista dalla normativa ambientale.