Negli impianti di compostaggio e di digestione anaerobica la frazione organica viene degradata da popolazioni microbiche che si sviluppano volutamente, ma senza che vi sia uso deliberato di agenti classificati. Durante le fasi di ricezione, triturazione, rivoltamento dei cumuli e vagliatura si liberano grandi quantità di bioaerosol, cioè particelle sospese di origine biologica.
Il fungo più studiato in questi impianti è Aspergillus fumigatus, termotollerante, che prospera nei cumuli in maturazione. È classificato nel gruppo 2 con indicazione di possibili effetti allergici e nei soggetti sensibili o immunodepressi può causare aspergillosi, alveolite allergica estrinseca e asma. Si aggiungono attinomiceti termofili, collegati al cosiddetto polmone del contadino, ed endotossine dei batteri gram-negativi, responsabili di sintomi simil-influenzali, irritazione delle vie aeree e riduzione della funzionalità respiratoria.
La prevenzione si concentra sul controllo dell'emissione: capannoni chiusi in depressione con biofiltri, pale gommate e rivoltatrici con cabina pressurizzata e filtrata, bagnatura controllata dei cumuli, limitazione della presenza di personale a terra durante le movimentazioni. Il punto debole frequente è la manutenzione dei filtri di cabina, che se trascurata trasforma l'abitacolo in un ambiente più contaminato dell'esterno.
La sorveglianza sanitaria include di solito la valutazione della funzionalità respiratoria e dell'anamnesi allergica, con attenzione ai lavoratori con asma preesistente.