I liquami urbani contengono un'ampia varietà di microrganismi di origine fecale: Escherichia coli e altri enterobatteri, Salmonella, virus dell'epatite A e norovirus, protozoi come Giardia e Cryptosporidium, oltre a Leptospira veicolata dalle urine dei roditori che popolano le fognature. L'esposizione avviene per contatto cutaneo e mucoso, per ingestione accidentale e per inalazione degli aerosol prodotti da turbolenze, agitatori e lavaggi.
Negli impianti di depurazione le fasi critiche sono quelle iniziali, dove il refluo è meno trattato: sollevamento, grigliatura, dissabbiatura e disoleatura. Il trattamento dei fanghi, con ispessimento, disidratazione mediante centrifughe o nastropresse e movimentazione dei cassoni, comporta esposizione a schizzi e polveri. Gli operatori della manutenzione fognaria aggiungono il lavoro in pozzetti e condotte, con contatto diretto con il liquame durante sturamenti e videoispezioni.
La leptospirosi merita un'attenzione specifica: il batterio penetra attraverso piccole lesioni cutanee e le mucose, e la malattia può esordire con sintomi aspecifici. Le misure includono il controllo dei roditori, la protezione delle ferite, l'uso di stivali e guanti impermeabili e l'informazione su quali sintomi riferire al medico.
Gli ambienti fognari presentano anche rischi da gas e da spazio confinato, trattati in altri blocchi: la valutazione biologica deve integrarsi con quelle procedure, non sostituirle né duplicarle.