Il lavoratore autonomo è una presenza costante nei cantieri: posatori, lattonieri, gruisti a noleggio con operatore, tecnici di impianti speciali. L'articolo 94 stabilisce che i lavoratori autonomi che esercitano la propria attività nei cantieri, fermi restando gli obblighi del decreto, tra cui quelli dell'articolo 21, si adeguano alle indicazioni fornite dal coordinatore per l'esecuzione ai fini della sicurezza. L'articolo 21 impone loro di utilizzare attrezzature conformi al Titolo III, di munirsi di DPI e utilizzarli conformemente, e di munirsi della tessera di riconoscimento quando operano in appalto.
L'autonomo non redige il POS, ma deve presentare la documentazione di idoneità prevista dall'Allegato XVII e deve rispettare il PSC per le parti di sua competenza. Nel POS dell'impresa che lo ha ingaggiato devono comparire le lavorazioni a lui subaffidate.
Il punto critico per il RSPP è il cosiddetto falso autonomo: una persona formalmente a partita IVA che lavora con i mezzi dell'impresa, agli ordini del capocantiere, con orario fisso e in squadra con i dipendenti. In questi casi la realtà del rapporto prevale sulla forma contrattuale e l'impresa si ritrova obblighi di formazione, sorveglianza sanitaria e DPI che non ha adempiuto. Anche l'autonomo che porta un aiutante non regolarizzato cambia natura e diventa un datore di lavoro privo di qualsiasi documentazione: va fermato e gestito con il CSE prima che entri in cantiere, verificando la posizione di entrambe le persone.