Una volta costruito l'albero, l'analisi qualitativa si concentra sugli insiemi di taglio minimi, detti minimal cut set. Un insieme di taglio è una combinazione di eventi base che, se si verificano tutti, provocano l'evento di vertice. È minimo quando togliendo anche uno solo degli eventi la combinazione non è più sufficiente.
Gli insiemi di taglio minimi si ricavano applicando le regole dell'algebra di Boole alle porte dell'albero. Una porta OR genera insiemi separati, uno per ciascun ramo; una porta AND unisce gli eventi dei rami in un unico insieme. In alberi piccoli il calcolo si fa a mano; per alberi con decine di eventi si usano software dedicati.
L'ordine di un insieme di taglio è il numero di eventi che contiene. Un insieme di ordine uno è un singolo punto di guasto: un solo evento basta a provocare l'incidente. Sono le prime vulnerabilità da trattare. Gli insiemi di ordine due richiedono due guasti contemporanei e sono in genere meno probabili, a meno che i due eventi non abbiano una causa comune.
Questo è il punto che spesso sfugge: due barriere apparentemente indipendenti possono fallire insieme per la stessa ragione. Due sensori di livello identici alimentati dalla stessa linea elettrica, tarati dallo stesso tecnico con la stessa procedura sbagliata, non sono due barriere indipendenti. Il RSPP che legge un albero dei guasti deve chiedersi per ogni porta AND se esistono cause comuni capaci di annullare la ridondanza: interruzione dell'alimentazione, ambiente aggressivo, errore di manutenzione sistematico.