Stabilire quando un rischio residuo è accettabile è una delle decisioni più delicate della valutazione. La legge italiana non fissa una soglia numerica generale; l'articolo 15 del D.Lgs. 81/08 indica come misura generale di tutela l'eliminazione dei rischi e, ove ciò non sia possibile, la loro riduzione al minimo in relazione alle conoscenze acquisite in base al progresso tecnico. Esistono invece soglie specifiche per singoli agenti: i valori di azione e i valori limite per rumore e vibrazioni, i valori limite di esposizione professionale per gli agenti chimici.
In assenza di soglie di legge, i criteri di accettabilità devono essere definiti dall'azienda e scritti nel DVR prima della valutazione, non dopo. Un criterio tipico in una matrice 4x4 stabilisce che un rischio con indice fino a 2 è accettabile con mantenimento delle misure, da 3 a 4 richiede miglioramenti programmati, da 6 a 8 richiede interventi a breve termine, da 9 in su impone interventi immediati o l'interruzione dell'attività. Va aggiunta una regola sulla gravità: un danno potenzialmente mortale non diventa accettabile solo perché giudicato improbabile, se esistono misure ragionevolmente praticabili per ridurlo ancora.
Va considerato anche il confronto con lo stato dell'arte: se aziende simili adottano normalmente una protezione, e la norma tecnica di prodotto la prevede, difficilmente un rischio residuo senza quella protezione potrà essere considerato accettabile. La decisione finale spetta al datore di lavoro, ma il RSPP deve fornire argomenti tecnici chiari e documentati.