La definizione di riferimento è quella del Regolamento CE 1107/2009, che disciplina l'immissione sul mercato: sono prodotti fitosanitari le formulazioni contenenti sostanze attive destinate a proteggere i vegetali dagli organismi nocivi, a influire sui loro processi vitali in modo diverso dai nutrienti, a conservarne i prodotti, a eliminare piante indesiderate o a frenarne la crescita. Rientrano quindi insetticidi, acaricidi, fungicidi, erbicidi, fitoregolatori, ma anche coadiuvanti, antagonisti e sinergizzanti.
La distinzione con categorie vicine è pratica, non accademica. I biocidi, regolati dal Regolamento UE 528/2012, comprendono ad esempio disinfettanti per le stalle e rodenticidi usati negli ambienti di lavoro: seguono un'altra autorizzazione e non richiedono il patentino fitosanitario. I fertilizzanti nutrono la pianta e non la difendono. Un errore frequente nei DVR agricoli è trattare tutto come un unico blocco di sostanze chimiche, perdendo di vista che per ciascuna famiglia cambiano chi può acquistare, chi può usare e quali registrazioni servono.
Ogni prodotto fitosanitario circola solo se autorizzato dal Ministero della Salute, con un numero di registrazione riportato in etichetta. L'etichetta autorizzata ha valore prescrittivo: dose, colture ammesse, intervallo di sicurezza, tempo di rientro e misure di mitigazione sono vincoli. Un uso diverso da quanto indicato non è una scelta tecnica dell'agricoltore, ma un impiego non consentito.