Il PAN fissa requisiti minimi per lo stoccaggio, richiamati anche dall'art. 16 del D.Lgs. 150/2012. I prodotti vanno conservati in un locale o in un armadio dedicato, chiuso a chiave e accessibile solo a utilizzatori professionali abilitati, al riparo dalla pioggia e dalla luce solare diretta. Non sono ammessi altri materiali, salvo quelli connessi ai trattamenti come attrezzi per il dosaggio; alimenti, mangimi e abiti devono restare fuori.
Il locale deve avere aperture di aerazione protette, pavimento impermeabile e un sistema di contenimento che trattenga eventuali sversamenti senza farli defluire verso scarichi, fognature o corsi d'acqua; i prodotti si dispongono su scaffali di materiale non assorbente, con i liquidi in basso e le polveri in alto. All'esterno vanno apposti cartelli di pericolo, e nelle vicinanze devono essere disponibili materiale assorbente, attrezzi per raccogliere i prodotti versati e i numeri di emergenza.
Durante il sopralluogo i difetti più comuni sono ricorrenti: confezioni aperte senza tappo, prodotti travasati in bottiglie dell'acqua, sacchi appoggiati sul pavimento, prodotti revocati da anni ancora presenti, chiave appesa accanto alla porta. Il deposito non deve trovarsi in locali di abitazione e, nelle piccole aziende familiari, è proprio la vicinanza alla casa a creare il rischio maggiore, specie per i bambini. Un armadio metallico con vasca di contenimento in un locale tecnico ben areato è spesso la soluzione più rapida da proporre.