I contenitori vuoti dei prodotti fitosanitari sono rifiuti speciali e non possono essere bruciati, interrati o riutilizzati per altri scopi, abitudini ancora presenti nelle campagne. Al momento della preparazione si esegue il risciacquo, preferibilmente tre volte o con l'ugello di lavaggio del premiscelatore, versando l'acqua di risciacquo nella botte, così da sfruttare il residuo e ridurre la pericolosità dell'imballaggio. Il contenitore viene poi forato o reso inutilizzabile e conservato nel deposito fino al conferimento.
Il conferimento avviene tramite ditte autorizzate o circuiti di raccolta organizzati da associazioni agricole e Comuni, che rilasciano documentazione di avvenuto smaltimento da conservare. I prodotti scaduti o revocati, per i quali il Ministero fissa termini di smaltimento delle scorte, vanno etichettati come rifiuto e separati nel deposito in attesa del ritiro.
La miscela avanzata non deve essere scaricata in fossi o nel cortile: il modo corretto è calcolare con precisione il volume necessario, diluire l'eventuale residuo con acqua pulita e distribuirlo sulla coltura già trattata nel rispetto della dose massima. Il lavaggio interno ed esterno dell'irroratrice si esegue in campo o in area attrezzata, mai vicino a pozzi o scarichi. Per l'operatore la pulizia della macchina è un'operazione con esposizione non trascurabile e richiede gli stessi DPI della distribuzione, mentre spesso viene eseguita in maglietta con l'idropulitrice.