Gli effetti acuti dipendono dalla classe chimica. Gli insetticidi organofosforici e carbammati inibiscono l'acetilcolinesterasi, l'enzima che degrada il neurotrasmettitore acetilcolina, con sintomi come sudorazione profusa, salivazione, miosi, crampi addominali, nausea, debolezza muscolare, difficoltà respiratoria; molti organofosforici non sono più autorizzati nell'Unione Europea, ma possono ancora trovarsi in vecchie giacenze. Altri prodotti provocano irritazione cutanea e oculare, dermatiti allergiche da contatto, cefalea e vertigini.
Gli effetti cronici sono più difficili da riconoscere e richiedono cautela nelle affermazioni. La letteratura scientifica ha studiato associazioni tra esposizione professionale a determinati fitosanitari e malattie neurodegenerative, alcuni tumori del sistema linfoemopoietico, disturbi della riproduzione e dello sviluppo. Alcune sostanze sono classificate come cancerogene, mutagene o tossiche per la riproduzione, e in tal caso compaiono le relative indicazioni di pericolo nell'etichetta.
Il valore pratico di queste conoscenze è orientare le priorità: sostituire i prodotti classificati con indicazioni H più gravi con alternative meno pericolose, quando agronomicamente possibile, è la misura con il maggiore effetto. Anche la difesa integrata obbligatoria, che privilegia monitoraggio delle avversità, soglie di intervento e mezzi biologici, riduce il numero di trattamenti e quindi le giornate di esposizione. Il RSPP può lavorare con il consulente agronomico su questo terreno comune.