Le vasche di stoccaggio dei liquami, le fosse sotto i grigliati e le prevasche di raccolta sono luoghi in cui la fermentazione anaerobica della sostanza organica produce un insieme di gas pericolosi. Il più insidioso è l'idrogeno solforato, H2S: più pesante dell'aria, con densità relativa intorno a 1,2, tende a ristagnare nei punti bassi, nei pozzetti e sul pelo libero del liquame. A basse concentrazioni ha il tipico odore di uova marce, ma già a circa 100 ppm paralizza il nervo olfattivo: l'odore sparisce proprio quando la concentrazione diventa pericolosa, dando una falsa sensazione di sicurezza.
Sopra qualche centinaio di ppm provoca rapidamente perdita di coscienza e arresto respiratorio; a concentrazioni molto elevate bastano pochi respiri. Il D.Lgs. 81/08, all'Allegato XXXVIII, fissa per l'idrogeno solforato un valore limite di 5 ppm sulle otto ore e di 10 ppm per esposizioni brevi: ordini di grandezza lontanissimi da quelli che si possono raggiungere in una vasca durante il rimescolamento.
Il momento più critico è l'agitazione del liquame prima dello svuotamento: i gas intrappolati nella crosta e nel fondo vengono liberati tutti insieme e la concentrazione sopra la vasca può salire in pochi secondi a valori letali, anche all'aperto in assenza di vento. Per questo durante l'agitazione nessuno deve stare sul bordo della vasca o sopra i grigliati e gli animali vanno allontanati dai box sovrastanti quando la fossa è sotto la stalla.