Insieme all'idrogeno solforato, la fermentazione dei liquami produce anidride carbonica, metano e ammoniaca, ognuno con un meccanismo di pericolo diverso. L'anidride carbonica è inodore e incolore, circa una volta e mezzo più pesante dell'aria: si accumula sul fondo di vasche vuote, pozzetti e silos, sposta l'ossigeno e, a concentrazioni elevate, ha anche un effetto tossico diretto con cefalea, affanno e perdita di coscienza. Il fatto che la vasca sia stata svuotata non la rende sicura, anzi il fondo con residui di fango continua a produrre gas.
Il metano è più leggero dell'aria e si raccoglie nelle parti alte di locali chiusi, coperture di vasche e digestori. Il pericolo principale è l'esplosione: il campo di esplosività si colloca indicativamente tra il 5 e il 15 per cento in volume, per cui una scintilla di un utensile, una saldatura su una copertura o una sigaretta possono innescare un'esplosione. Le aziende con impianti di biogas hanno inoltre obblighi specifici di classificazione delle zone ATEX secondo il Titolo XI.
L'ammoniaca si libera soprattutto dalle urine, è più leggera dell'aria, irritante per occhi e vie respiratorie e ben riconoscibile dall'odore pungente. Raramente raggiunge concentrazioni letali in stalla, ma l'esposizione cronica contribuisce ai disturbi respiratori degli allevatori. Per il RSPP la conseguenza pratica è che un rilevatore che misura un solo gas non basta: servono strumenti multigas che rilevino ossigeno, H2S, esplosività e, se necessario, monossido e anidride carbonica.