Il lavoratore autonomo che esercita la propria attività nei cantieri deve rispettare l'articolo 94: utilizzare attrezzature di lavoro conformi al Titolo III, usare i dispositivi di protezione individuale, adeguarsi alle indicazioni fornite dal coordinatore per l'esecuzione ai fini della sicurezza. Si applicano inoltre gli obblighi generali dell'articolo 21, tra cui munirsi di tessera di riconoscimento con fotografia e generalità quando opera in un luogo dove si svolgono attività in regime di appalto o subappalto.
Il lavoratore autonomo non redige un POS in senso proprio, perché non è datore di lavoro, ma deve fornire la documentazione dell'Allegato XVII per la verifica di idoneità, e deve possedere la patente a crediti quando opera nei cantieri. Nella prassi molti coordinatori chiedono comunque una scheda descrittiva della lavorazione, delle attrezzature e dei DPI, per poterla inserire nel coordinamento.
Attenzione al fenomeno dei falsi autonomi: squadre di posatori o carpentieri che operano con partita IVA ma ricevono ordini, orari e attrezzature dall'impresa affidataria. In questi casi la vigilanza può riqualificare il rapporto, e l'impresa si trova responsabile come datore di lavoro, con tutti gli obblighi di formazione, sorveglianza sanitaria e fornitura DPI. Il RSPP dell'affidataria deve segnalare queste situazioni alla direzione prima che diventino un problema giuridico e di sicurezza. Il CSE deve inoltre conoscere in anticipo la presenza di ogni autonomo, per inserirlo nel coordinamento.