La valutazione medica dopo l'esposizione stabilisce il livello di rischio e le misure da adottare. Per l'HIV, se la fonte è positiva o a rischio elevato, si valuta la profilassi con farmaci antiretrovirali, da iniziare il prima possibile, idealmente entro poche ore, e comunque non oltre le settantadue ore; il trattamento dura in genere quattro settimane e richiede controlli per effetti collaterali e aderenza. Per l'epatite B la decisione dipende dallo stato vaccinale e dalla risposta anticorpale documentata dell'operatore: chi è protetto non necessita di trattamento, mentre chi non è vaccinato o non ha risposto al vaccino può ricevere immunoglobuline specifiche e la vaccinazione.
Per l'epatite C non esiste una profilassi: si esegue un monitoraggio per individuare precocemente un'eventuale infezione, che oggi può essere trattata con antivirali ad azione diretta con elevata probabilità di guarigione. Il follow-up per tutti e tre i virus si articola in prelievi a intervalli prefissati per alcuni mesi, secondo i protocolli aggiornati.
In questo periodo l'operatore deve ricevere informazioni chiare sulle precauzioni da adottare nella vita privata, ad esempio nei rapporti sessuali e nelle donazioni di sangue, e su eventuali limitazioni lavorative, che di norma non sono necessarie. L'aspetto psicologico non va sottovalutato: l'attesa degli esiti è vissuta con ansia, e il D.Lgs. 81/08 prevede espressamente supporto e consulenza. Il medico competente segue il caso in collegamento con la struttura che ha erogato la profilassi.