Gli strumenti che entrano in contatto con mucose, come endoscopi, sonde ecografiche endocavitarie e alcuni dispositivi per la respirazione, richiedono una disinfezione di alto livello quando non è possibile sterilizzarli. Storicamente si usava la glutaraldeide, un forte irritante e un sensibilizzante cutaneo e respiratorio, responsabile di numerosi casi di asma professionale tra il personale degli ambulatori di endoscopia. Oggi si utilizzano soprattutto l'ortoftalaldeide, nota come OPA, che ha anch'essa proprietà sensibilizzanti e macchia la cute, e l'acido peracetico, irritante e corrosivo, con vapori caratteristici.
La misura di prevenzione decisiva è tecnica: le macchine lavaendoscopi a ciclo chiuso, collocate in locali con aspirazione dedicata, riducono drasticamente l'esposizione rispetto all'immersione manuale in vaschette. Dove resta una fase manuale, servono vasche con coperchio, cappe aspiranti o banconi aspirati, guanti di nitrile di adeguato spessore, occhiali o visiera, camici impermeabili e una procedura chiara per il cambio dei liquidi e per gli sversamenti.
In una RSA tradizionale queste attività sono rare, ma possono essere presenti in strutture con ambulatori annessi, in quelle che gestiscono dispositivi per la ventilazione domiciliare o in poliambulatori collegati. Il RSPP deve chiedere esplicitamente se esistono procedure di disinfezione di alto livello: spesso sono svolte in un locale periferico da poche persone, con abitudini consolidate e con un ricambio d'aria insufficiente.