Il decreto distribuisce le competenze tra più soggetti, e conoscerli evita di indirizzare documenti all'ufficio sbagliato. Il Ministero dell'Ambiente svolge funzioni di indirizzo e coordinamento e si avvale dell'ISPRA, che gestisce l'inventario nazionale degli stabilimenti e riceve le notifiche in formato elettronico. Presso il Ministero opera un coordinamento per l'uniforme applicazione della disciplina sul territorio nazionale.
Il Ministero dell'Interno, attraverso il Corpo nazionale dei Vigili del Fuoco, è l'autorità competente per l'istruttoria dei rapporti di sicurezza degli stabilimenti di soglia superiore e per le relative ispezioni; opera tramite il Comitato tecnico regionale istituito presso ogni Direzione regionale dei Vigili del Fuoco.
Le Regioni sono competenti per i controlli sugli stabilimenti di soglia inferiore, incluse le ispezioni sul sistema di gestione, e spesso si avvalgono delle Agenzie regionali per la protezione ambientale. Il Prefetto predispone il piano di emergenza esterno e coordina la sua attuazione. Il Comune cura l'informazione alla popolazione e la pianificazione urbanistica attorno agli stabilimenti, mentre ASL, ARPA e INAIL partecipano a vario titolo alle istruttorie e ai controlli.
Per un RSPP questa mappa ha un risvolto pratico: un sopralluogo dello SPISAL per un infortunio, un'ispezione del CTR sul sistema di gestione e una verifica dell'ARPA sugli scarichi possono avvenire nella stessa settimana, con interlocutori e linguaggi diversi.