Non tutti gli scenari pericolosi nascono dentro un reattore. Molti incidenti avvengono in serbatoi, fusti, fogne e vasche di raccolta, dove sostanze incompatibili entrano in contatto per errore. Esempi classici sono l'acido versato in una cisterna contenente ipoclorito, con sviluppo di cloro; un ossidante a contatto con solventi o materiale organico; l'acqua che entra in un serbatoio di sostanze che reagiscono violentemente con essa; monomeri come lo stirene o l'acrilato che polimerizzano spontaneamente se l'inibitore si esaurisce o se la temperatura di stoccaggio sale.
Lo strumento pratico è la matrice di compatibilità: una tabella che incrocia tutte le sostanze presenti nel sito, compresi fluidi di servizio, detergenti e acqua, indicando per ciascuna coppia se la miscela è compatibile, pericolosa o da verificare. Le informazioni provengono dalle sezioni 7 e 10 delle schede di dati di sicurezza, da banche dati di reattività e, nei casi dubbi, da prove di laboratorio. La matrice serve poi a progettare la segregazione dei depositi, la disposizione dei bacini di contenimento e i collegamenti delle linee di scarico.
Le perossidazioni meritano attenzione specifica: eteri e altri solventi possono formare perossidi instabili durante lo stoccaggio prolungato, che si concentrano nei residui di distillazione. In magazzino questo si traduce in date di apertura sui contenitori, durata massima di conservazione e test periodici. Sono controlli semplici, ma spesso trascurati nei laboratori di controllo qualità e nei reparti pilota.