Ogni funzione di sicurezza prevede situazioni in cui deve essere esclusa: la prova periodica, la manutenzione di un sensore, l'avviamento quando alcune variabili sono fuori campo per ragioni normali. Il bypass è legittimo se gestito, ed è una delle prime cause di incidente se non lo è. Le indagini su molti eventi gravi riportano sistemi di protezione esclusi da giorni o settimane senza che nessuno, al di fuori del turno che li aveva inibiti, ne fosse al corrente.
Una buona gestione prevede un'autorizzazione scritta, firmata da una persona con autorità adeguata, che indichi la funzione esclusa, il motivo, la durata massima e le misure compensative attive durante l'esclusione, come presidio continuo dell'operatore sulla variabile, riduzione del carico o sospensione di certe operazioni. Il sistema deve segnalare in sala controllo in modo evidente e permanente ogni bypass attivo; molti SIS moderni registrano automaticamente data e ora di inserimento e rimozione.
Il registro dei bypass va controllato a ogni cambio turno e periodicamente dalla direzione di stabilimento. Un indicatore utile è il numero di bypass attivi oltre la durata autorizzata. Durante un sopralluogo l'ASPP può chiedere al capoturno l'elenco degli esclusi in quel momento e confrontarlo con le autorizzazioni: è una verifica rapida che rivela molto sulla disciplina operativa. Una nota pratica: le forzature eseguite con ponticelli sui morsetti in campo sfuggono al sistema e vanno vietate o gestite con la stessa formalità.