Dopo il collaudo inizia la fase più lunga del ciclo di vita, e anche la più esposta al degrado. La IEC 61511 chiede che l'esercizio sia accompagnato da procedure scritte per le prove, per i bypass, per la risposta agli allarmi diagnostici e per il ripristino dopo un intervento. Chiede inoltre di raccogliere e analizzare i dati di funzionamento: quante volte ogni funzione è stata chiamata a intervenire, quanti interventi intempestivi ha prodotto, quanti guasti sono stati trovati nelle prove.
Questi dati hanno un significato preciso. Se una funzione progettata per una domanda ogni dieci anni interviene tre volte in un anno, l'ipotesi sulla frequenza dell'evento iniziatore era sbagliata, oppure il controllo di base funziona male; in entrambi i casi la LOPA va rivista. Se una funzione genera molti interventi intempestivi, gli operatori saranno tentati di escluderla: il problema di affidabilità si trasforma in un problema di sicurezza.
La norma richiede anche la valutazione della sicurezza funzionale, svolta da persone indipendenti dal gruppo di progetto in momenti prefissati del ciclo di vita; quella eseguita prima che i pericoli siano introdotti nell'impianto, cioè prima dell'avviamento, è obbligatoria, e sono previste valutazioni periodiche durante l'esercizio. Tutti coloro che operano sul SIS devono avere competenze documentate: il tecnico che esegue una prova o modifica un parametro deve conoscere la funzione e le sue implicazioni, non solo lo strumento.