Le procedure di gestione delle modifiche sono nate per gli interventi tecnici, ma l'esperienza ha mostrato che anche i cambiamenti organizzativi possono ridurre la sicurezza di processo. Esempi tipici sono la riduzione del numero di operatori per turno, l'accorpamento di due sale controllo, il passaggio da turni di otto a dodici ore, l'esternalizzazione della manutenzione o del laboratorio, il pensionamento contemporaneo di più tecnici esperti, la fusione di ruoli come capoturno e responsabile delle emergenze.
Questi cambiamenti raramente vengono analizzati con il rigore riservato a una nuova tubazione. Eppure possono eliminare di fatto una protezione accreditata: se la LOPA conta sulla risposta dell'operatore entro dieci minuti a un allarme, e l'operatore ora presidia due unità distanti, quella protezione potrebbe non esistere più. Allo stesso modo, la squadra di emergenza dimensionata per un certo organico può risultare insufficiente nel turno notturno ridotto.
Una buona prassi prevede di sottoporre i cambiamenti organizzativi a una valutazione specifica, chiedendosi quali compiti critici per la sicurezza sono svolti oggi, da chi, con quali competenze, e chi li svolgerà dopo il cambiamento, nelle condizioni normali e in emergenza. Il RSPP è coinvolto a pieno titolo, perché queste valutazioni toccano carichi di lavoro, fatica, formazione e gestione delle emergenze, tutti ambiti del DVR. Nei casi in cui si perdono competenze consolidate, serve anche un piano di trasferimento delle conoscenze prima dell'uscita delle persone.