La bonifica è l'insieme delle operazioni che portano un'apparecchiatura da una condizione di esercizio a una condizione in cui può essere aperta in sicurezza. Il primo passo è lo svuotamento del prodotto, che si effettua trasferendolo verso un serbatoio di raccolta o un'altra sezione dell'impianto attraverso le linee normali, sfruttando pompe o pressione di gas inerte. Il prodotto recuperabile non deve mai essere scaricato in fogna o a terra: oltre al danno ambientale, crea atmosfere infiammabili o tossiche in punti lontani dal lavoro.
Segue la depressurizzazione, che porta la pressione interna a quella atmosferica. Per gas e vapori infiammabili o tossici lo scarico avviene verso la torcia, un sistema di abbattimento o un collettore chiuso, con portate controllate per evitare raffreddamenti eccessivi per espansione: un gas liquefatto che evapora rapidamente può portare il metallo a temperature tali da renderlo fragile. Gli sfiati in atmosfera sono ammessi solo per fluidi innocui e in posizione sicura.
Il drenaggio dei residui liquidi dai punti bassi completa la fase. Va eseguito con attenzione, perché il drenaggio di idrocarburi in recipienti aperti genera vapori ed elettricità statica. Una buona pratica è collegare il punto di drenaggio con una manichetta dedicata a un sistema chiuso di raccolta, collegare a terra il recipiente, sorvegliare l'operazione senza allontanarsi e controllare che la valvola di drenaggio si richiuda completamente al termine, perché i drenaggi lasciati aperti sono una causa ricorrente di rilasci.