Svuotare non significa pulire. Pareti, fondi, piatti di colonna e fasci tubieri trattengono residui che continuano a liberare vapori. Per eliminarli si ricorre al lavaggio con acqua, a volte calda o additivata con detergenti, al flussaggio con vapore, detto anche steam out, che riscalda e trascina gli idrocarburi verso il sistema di scarico, oppure alla neutralizzazione chimica per acidi, basi e sostanze reattive. La scelta dipende dalla natura del prodotto: alcune sostanze reagiscono pericolosamente con l'acqua e richiedono solventi specifici.
Ogni metodo ha rischi propri. Il vapore può causare ustioni, e un recipiente riempito di vapore e poi chiuso rischia il collasso per depressione quando il vapore condensa: bisogna prevedere uno sfiato aperto o un rompivuoto. Il flusso di vapore ad alta velocità in presenza di vapori infiammabili genera cariche elettrostatiche, quindi il recipiente deve essere collegato a terra. Il lavaggio produce acque contaminate da raccogliere e smaltire come rifiuto o da inviare al trattamento, non da scaricare in rete.
La fine della bonifica non si decide a tempo, ma con evidenze: assenza di prodotto nelle acque di lavaggio, letture del rilevatore di gas entro i limiti, ispezione visiva quando possibile. Per i residui solidi o polimerici, che liberano vapori solo quando vengono rimossi o riscaldati, è necessario prevedere monitoraggio continuo durante la successiva pulizia meccanica, perché le prime analisi possono risultare rassicuranti e poi peggiorare rapidamente.