Nel sistema del D.Lgs. 271/99 l'armatore occupa la posizione che a terra spetta al datore di lavoro. È a lui che fanno capo la valutazione dei rischi per la salute e la sicurezza dei lavoratori marittimi, l'elaborazione del relativo documento per ciascuna nave, l'individuazione delle misure di prevenzione e protezione e dei dispositivi individuali, il programma delle misure per migliorare nel tempo i livelli di sicurezza. L'armatore organizza inoltre il servizio di prevenzione e protezione, nomina il medico competente nei casi previsti e assicura informazione e formazione adeguate all'equipaggio.
Ci sono poi obblighi che dipendono dalla natura marittima dell'attività: fornire una nave e attrezzature idonee e mantenute, mettere a disposizione del comandante le risorse necessarie per applicare le misure, assicurare che le dotazioni di sicurezza siano presenti ed efficienti, collaborare con l'Autorità marittima nelle visite e nelle ispezioni.
Il punto delicato è che l'armatore spesso non è a bordo, soprattutto quando si tratta di una società o di una cooperativa con più unità. Deve quindi governare la sicurezza a distanza, attraverso il comandante, procedure scritte, flussi di informazione e controlli in porto. Un sistema efficace prevede almeno un momento strutturato di confronto tra armatore e comandanti, per esempio a ogni cambio di stagione di pesca, e un canale rapido per segnalare guasti o carenze. Senza questi strumenti la delega di fatto al comandante diventa totale, e i problemi emergono solo dopo l'infortunio.