Il comandante è la figura su cui il sistema marittimo concentra l'autorità a bordo. Il Codice della navigazione gli attribuisce la direzione della navigazione e della manovra e un potere gerarchico su tutte le persone imbarcate, e il D.Lgs. 271/99 lo inserisce nella catena della prevenzione con obblighi propri, distinti da quelli dell'armatore. In termini di D.Lgs. 81/08 la sua posizione unisce caratteristiche del dirigente e del preposto: attua le misure decise dall'armatore, organizza il lavoro dell'equipaggio, vigila sul rispetto delle disposizioni e interviene direttamente in caso di pericolo.
Nella pratica il comandante decide quando uscire e quando rientrare in base al meteo, sceglie chi lavora al verricello e chi sta in coperta, stabilisce turni e pause, controlla che i dispositivi individuali siano indossati, valuta se un marinaio stanco o indisposto può continuare a lavorare. È anche il primo destinatario delle segnalazioni dell'equipaggio e il responsabile della registrazione degli eventi.
Per queste ragioni la formazione specifica del comandante in materia di sicurezza non è un dettaglio. Il RSPP dovrebbe considerarlo un interlocutore primario: nessuna procedura scritta in ufficio funzionerà se il comandante non la ritiene sensata e non la fa applicare. Un metodo efficace è redigere le procedure di bordo insieme ai comandanti, partendo dal modo in cui già lavorano e correggendo solo i passaggi critici, invece di imporre testi preconfezionati.