Il D.Lgs. 81/08 non ha abrogato le discipline speciali del lavoro marittimo. L'art. 3 prevede che, per le attività lavorative a bordo delle navi regolate dal D.Lgs. 271/99, per l'ambito portuale regolato dal D.Lgs. 272/99 e per il settore delle navi da pesca regolato dal D.Lgs. 298/99, le disposizioni del Testo unico siano applicate tenendo conto delle particolari esigenze del servizio, attraverso appositi decreti di armonizzazione. In attesa di tali decreti continuano ad applicarsi le norme speciali.
Il risultato è un sistema in cui le regole specifiche marittime prevalgono per ciò che disciplinano espressamente, mentre i principi generali del D.Lgs. 81/08 restano un riferimento interpretativo e colmano gli spazi non coperti. Inoltre l'impresa di pesca svolge quasi sempre anche attività a terra: magazzino delle reti, officina, cella di stoccaggio, ufficio amministrativo, punto vendita. Per i lavoratori addetti a queste attività si applica pienamente il D.Lgs. 81/08, con il suo documento di valutazione dei rischi.
Nella pratica il RSPP deve quindi costruire una documentazione su due binari coerenti: le valutazioni riferite a ciascuna nave, secondo la normativa marittima, e la valutazione delle attività di terra secondo il Testo unico. Un errore frequente è produrre un unico documento generico che non distingue le unità e non chiarisce quale norma si applica a quale attività, rendendolo difficile da difendere durante un controllo e poco utile per chi lavora.