Il comandante esercita a bordo poteri che nessun dirigente o preposto di terra possiede: autorità su tutte le persone presenti, potere disciplinare, facoltà di adottare in caso di necessità misure eccezionali per la sicurezza della nave e delle persone. A questi poteri corrisponde una posizione di garanzia molto ampia, che in sede penale si fonda sul principio dell'art. 40 del codice penale per cui non impedire un evento che si ha l'obbligo giuridico di impedire equivale a cagionarlo.
Nella giurisprudenza in materia di sicurezza del lavoro il criterio è quello dell'effettività: risponde chi esercita in concreto i poteri, indipendentemente dalla qualifica formale. Per il comandante questo significa che la responsabilità copre sia l'organizzazione delle operazioni di pesca durante la bordata, sia la vigilanza sull'uso dei dispositivi individuali e sul rispetto delle procedure, sia le decisioni legate al meteo e alla stanchezza dell'equipaggio.
Ciò non elimina la responsabilità dell'armatore, che concorre per le scelte organizzative e per le carenze strutturali, né quella del singolo pescatore per i propri comportamenti. Il RSPP ha un ruolo di consulenza e non di gestione, ma può contribuire a ridurre l'esposizione di tutti attraverso documenti chiari: un mansionario che indichi cosa ci si aspetta dal comandante in materia di sicurezza, procedure scritte per le operazioni critiche, registrazioni delle verifiche effettuate. In caso di evento, la qualità della documentazione mostra se il sistema esisteva davvero o solo sulla carta.